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| 任期 | 氏名 | |
|---|---|---|
| 初代運営委員長 | 2003年4月~2006年3月 | 多田 正大(多田消化器クリニック) |
| 二代目運営委員長 | 2006年4月~2010年3月 | 浜田 勉(平戸市国民健康保険度島診療所 内科) |
| 三代目運営委員長 | 2010年4月~2015年3月 | 斉藤 裕輔(市立旭川病院 消化器病センター) |
| 四代目運営委員長 | 2015年4月~2018年3月 | 小山 恒男(佐久医療センター 内視鏡内科) |
| 五代目運営委員長 | 2018年4月~2021年3月 | 山野 泰穂(札幌医科大学医学部 消化器内科学講座・消化器内視鏡センター) |
| 六代目運営委員長 | 2021年4月~2026年3月 | 江﨑 幹宏(佐賀大学医学部内科学講座 消化器内科) |
| 七代目運営委員長 | 2026年4月~現在 | 岡 志郎(広島大学大学院医系科学研究科 消化器内科学) |